中华鳖性别差异表达基因比较研究

doi:10.14012/j.cnki.fjsc.2021.04.001

渔业研究 ›› 2021, Vol. 43 ›› Issue (4): 339-356.DOI: 10.14012/j.cnki.fjsc.2021.04.001

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中华鳖性别差异表达基因比较研究

周先文¹,²,王晓清¹,王佩¹,江辉¹,曾丹¹,彭英海²

1. 湖南农业大学
2. 湘西州畜牧水产事务中心

收稿日期:2021-05-17 修回日期:2021-05-29 出版日期:2021-08-25 发布日期:2021-08-26
通讯作者: 王晓清
作者简介:周先文（1983-），男，博士，水产类高级农艺师，研究方向为水产动物遗传育种.E-mail: 517855825@qq.com
基金资助:
蓝色粮仓项目“中华鳖性别发育与生长性状的关联机制研究”;温度诱导中华鳖性别分化关键基因鉴定及决定机制研究

Comparative study on sex differentially expressed genes in Trionyx sinensis

Received:2021-05-17 Revised:2021-05-29 Online:2021-08-25 Published:2021-08-26
Contact: Xiao qingWANG
Supported by:
The Blue granary Correlation between biological sex development and economic traits in aquatic products;Identification and determination of key genes induced by temperature in sex differentiation of Trionyx sinensis

摘要/Abstract

摘要： 为获得中华鳖(Trionyx sinensis)性别差异表达基因，探索中华鳖性别决定机制，本研究采用RNA-Seq技术测定了中华鳖成熟期精巢和卵巢转录组，分别获得了21 494 396 400 bp和24 605 142 600 bp的clean data。获得总的差异基因10 145个，其中在卵巢中表达上调的有4 034个，在卵巢中表达下调的有6 111个。通过GO、KEGG及蛋白互作分析，在中华鳖性别差异的研究中，获得117个性别表达差异的基因，在雌性中高表达的性别相关基因有Foxl2、Sox3、Sox7、Bmp4、Csf1、Wnk2、Mtmr4、Gsc、Mr2f2、Fgf9、Tgfβ2、Tgfβ3、Rara、Smd2、Smd3和Smad5等；在雄性中高表达性别相关基因有Dmrt1、Amh、Sox30、Cct4、Cct5、Cldn11、Crem、Dhcr24、Dnai2、Dynll1、Gabarap、Herc4、Herpud2、Hexb、Hook1、Hormad1和Smc4等；同时Bmp4通过Smad信号通路调控Foxl2的表达，Foxl2基因为中华鳖雌性生理性别的标志基因。

关键词: 中华鳖, 性别差异, RNA-Seq, 基因

Abstract: In order to obtain sex-differential expression genes and explore the sex determination mechanism of Trionyx sinensis, we sequenced the transcriptome of testis and ovary of T. sinensis by RNA-seq and obtained clean data of 21 494 396 400 bp and 24 605 142 600 bp, respectively. A total of 10 145 differentially expressed genes were obtained, of which 4 034 were up-regulated in ovaries and 6 111 were down-regulated in ovaries. Through GO, KEGG and protein interaction analysis, 117 genes with sex -different expression were obtained in the study of the sex-difference of soft-shuttles. The sex-related genes such as Foxl2, Sox3, Sox7, Bmp4, Csf1, Wnk2, Mtmr4, Gsc, Mr2f2, Fgf9, Tgfβ2, Tgfβ3, Rara, Smd2, Smd3 and Smad5 were detected. The sex-related genes with high expression in males were Dmrt1, Amh, Sox30, Cct4, Cct5, Cldn11, Crem, Dhcr24, Dnaii, Dynll1, Gabarap, Herc4, Herpud2, Hexb, Hook1, Hormad1 and Smc4. At the same time Bmp4 regulated the expression of Foxl2 through Smad signaling pathway and Foxl2 gene was a marker gene for female physiological sex of T. sinensis.

中图分类号:

S917.4

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Comparative study on sex differentially expressed genes in Trionyx sinensis

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